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池塘由于水產養殖動物的糞便、排泄物、遺體、殘餌和施肥的不斷積累，以及地表沖積物等不斷沉積，沉積有機物經微生物發酵分解，形成大量腐植質，與池底表面浸潤土壤混合在一起，在池底形成一定厚度的淤泥。淤泥過多有三大危害：
一是導致池水缺氧危害養殖動物
淤泥中含有大量的有機物，有機物經細菌作用，氧化分解，消耗大量氧，往往使池塘下層水中本來不多的氧消耗殆盡，造成缺氧狀態。養殖魚類在溶氧3毫克/升以下時，就會抑制魚的生長，溶氧低于1.5毫克/升時，就會造成養殖魚類的泛塘死亡。
二是導致池水有毒物質增多危害動物
塘底淤泥和魚類的排泄物經硝化作用產生氨，氨在硝化過程中生成中間產物——亞硝酸鹽；淤泥中的硫酸鹽還原菌還原硫酸鹽，以及由異氧菌分解硫化物產生硫化氫。氨、亞硝酸鹽、硫化氫是魚類生存、生長過程中的劇毒物質。濃度小時，能使魚類處于不安定狀態，食欲下降，餌料系數增加，抵抗力減弱；濃度大時，會使魚中毒死亡。
三是導致池水有害菌增多危害養殖動物
當底質惡化，有害菌就會大量繁殖，水中有害菌達到一定數量時，養殖魚類可能發病，嚴重時會大量發病死亡。
大量的研究和生產實踐證明，池塘淤泥增多，底質惡化，是有毒物質和有害細菌增加的罪魁禍首，是造成整個養殖水體水質污染的重要原因。近些年來，鰱、鳙、鯽等魚類暴發性出血病的主要原因就是多年未清淤消毒的漁池淤泥中的大量致病菌引起的。改良底質環境，消除底泥危害的方法主要有：
1.清除過多的池塘淤泥。精養塘至少3年清一次淤。為了保持漁塘的肥度和水質的相對穩定，可保留15厘米～20厘米深的淤泥。雖然清淤費用較高，但可降低餌料系數，魚病防治費用及暴發性疾病的概率，故利大于弊。
2.讓池底暴曬和冰凍。在冬春清淤的池塘，可利用空閑的時間，讓池底接受充分的風吹、日曬和冷凍，塘底淤泥變得比較干燥、疏松，同時又可以殺死病原體和寄生蟲（卵），改善池塘生態環境，提高池塘肥力，為翌年改善溶氧狀況和改良水質創造條件。
3.施放生石灰。池塘施放生石灰，除了能殺死魚類的寄生蟲、病菌和害蟲等以及使池水保持微堿性的環境和提高池水的硬度、增加緩沖能力外，還能增加水中鈣離子，并使淤泥中被膠體所吸附的營養物質代換釋放，以增加水的肥度。塘底施放生石灰的好處很多，但施用的量要足，即每畝100千克以上；操作要細，即將池水抽至10厘米左右，生石灰用桶加水溶化后趁熱遍潑全池，用釘耙把潑有生石灰的底泥翻耙一遍，使淤泥和石灰充分混合。
4.養殖與種植輪作。養幾年魚后，干塘后種植農作物。這樣可以使淤泥更充分地干透，靠陸生作物發達的根系，使土壤充以空氣、疏松，有利于有機物的礦化分解，更好的改良底質；同時，淤泥也是農作物很好的肥料，互惠互利。
5.在養殖生產中，利用水質改良機吸出過多的淤泥（一般要求保持10厘米以上），或者在晴天中午，翻動塘泥，以減少耗氧因子，也可以在晴天中午用水質改良機將淤泥噴至池水的表層，或用鐵鏈等來回拖拉攪動塘泥以促進淤泥中的有機物氧化分解，降低夜間下層水的實際耗氧量，防止養殖動物浮頭。
6.施用微生態制劑。在養殖的關鍵季節，根據池塘的具體情況，有針對性地施用光合細菌、芽孢桿菌、硝化細菌、EM菌液等，改善底質和水質，減少有毒物質和毒害作用，增加溶氧，促進養殖動物的生長。
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