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池塘由于水產養殖動物的排泄物、遺體、殘餌和施肥的不斷積累，以及地表沖積物等不斷沉積，沉積有機物經微生物發酵分解，形成大量腐植質，與池底表面浸潤土壤混合在一起，在池底形成一定厚度的淤泥。淤泥過多有三大危害：
一、導致池水缺氧危害養殖動物
淤泥中含有大量的有機物，有機物經細菌作用，氧化分解，消耗大量氧，往往使池塘下層水中本來不多的氧消耗殆盡，造成缺氧狀態。養殖魚類在溶氧3毫克/升以下時，就會抑制魚的生長，溶氧低于1.5毫克/升時，就會造成養殖魚類的泛塘死亡。
二、導致池水有毒物質增多危害動物
塘底淤泥和魚類的排泄物經硝化作用產生氨，氨在硝化過程中生成中間產物—亞硝酸鹽；淤泥中的硫酸鹽還原菌還原硫酸鹽，以及由異氧菌分解硫化物產生硫化氫。氨、亞硝酸鹽、硫化氫是魚類生存、生長過程中的劇毒物質。能使魚類處于不安定狀態，食欲下降，餌料系數增加，抵抗力減弱；濃度大時，會使魚中毒死亡。
三、導致池水有害菌增多危害養殖動物
當底質惡化，有害菌就會大量繁殖，水中有害菌達到一定數量時，養殖魚類可能發病，嚴重時會大量發病死亡。
大量的生產實踐證明，池塘淤泥增多，底質惡化，是有毒物質和有害細菌增加的罪魁禍首，是造成整個養殖水體水質污染的重要原因。近些年來，魚類暴發性出血病的主要原因就是多年未清淤消毒的魚池，淤泥中含有大量的致病菌引起的。
改良底質環境，消除底泥危害的方法主要有：
1.清除過多的池塘淤泥。精養塘至少3年清一次淤泥。為了保持魚塘的肥度和水質的相對穩定，可保留15厘米～20厘米深的淤泥。
2.讓池底暴曬和冰凍。在冬春清淤的池塘，可利用空閑的時間，讓池底接受充分的風吹、日曬和冷凍，塘底淤泥變得比較干燥、疏松，同時又可以殺死病原體和寄生蟲（卵），改善池塘生態環境，提高池塘肥力，為翌年改善溶氧狀況和改良水質創造條件。
3.施放生石灰。池塘施放生石灰，除了能殺死魚類的寄生蟲、病菌和害蟲等以及使池水保持微堿性的環境和提高池水的硬度、增加緩沖能力外，還能增加水中鈣離子，并使淤泥中被膠體所吸附的營養物質替換釋放，以增加水的肥度。
4.施用三效底改。消除底泥危害，我們就要改良底質環境。三效底改不僅能疏底泥還能解毒素、還氧債，使水質變好，為水產動物提供一個良好的生活環境。
5. 在晴天中午，翻動塘泥，以減少耗氧因子，或用鐵鏈等來回拖拉攪動塘泥以促進淤泥中的有機物氧化分解，降低夜間下層水的實際耗氧量，防止養殖動物浮頭。
6.施用微生態制劑。在養殖的關鍵季節，根據池塘的具體情況，有針對性地使用光合細菌、芽孢桿菌、硝化細菌、EM菌液等，改善底質和水質，減少有毒物質和毒害作用，增加溶氧，促進養殖動物的生長。
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